Εν συντομία, οι βασικές αλλαγές που επέρχονται στο ειδικό καθεστώς των αγροτών είναι οι ακόλουθες:

Ως προς τον προσδιορισμό των ορίων που αποτελούν τα κριτήρια για την παραμονή στο ειδικό καθεστώς ή για τη μετάταξη στο κανονικό καθεστώς, με σαφήνεια ορίζεται ότι στις 15.000 ευρώ περιλαμβάνεται η αξία όλων των παραδόσεων αγροτικών προϊόντων ιδίας παραγωγής και των παροχών αγροτικών υπηρεσιών προς κάθε πρόσωπο, που πραγματοποιήθηκαν στο προηγούμενο φορολογικό έτος, και στις 5.000 ευρώ περιλαμβάνεται κάθε είδους επιδότηση που έλαβαν οι αγρότες.

Προβλέπεται η υποχρέωση έκδοσης ειδικού στοιχείου από τους αγρότες του ειδικού καθεστώτος για παραδόσεις των προϊόντων τους ή παροχές αγροτικών υπηρεσιών προς άλλους αγρότες του ειδικού καθεστώτος ή προς πρόσωπα μη υποκείμενα στον φόρο και η υποχρεωτική εγγραφή των εν λόγω αγροτών στο ειδικό καθεστώς, ακόμη και στην περίπτωση που αποκλειστικά πραγματοποιούν αυτές τις πράξεις.

Ορίζεται η υποχρεωτική υπαγωγή της αγροτικής εκμετάλλευσης στο κανονικό καθεστώς Φ.Π.Α. στις περιπτώσεις που οι αγρότες παράλληλα ασκούν και άλλη δραστηριότητα για την οποία υποχρεούνται σε τήρηση βιβλίων και έκδοση στοιχείων, περιλαμβανομένων των περιπτώσεων που πωλούν τα προϊόντα τους στις λαϊκές αγορές ή από δικό τους κατάστημα ή τα εξάγουν ή τα παραδίδουν ενδοκοινοτικά ή διαχειρίζονται ανανεώσιμες πηγές ενέργειας ή λειτουργούν αγροτοτουριστικές μονάδες.

Επακόλουθα, καταργείται η επιστροφή Φ.Π.Α. με τον κατ’ αποκοπή συντελεστή 3% στους αγρότες του ειδικού καθεστώτος που δικαιούνταν της επιστροφής αυτής.

Σε περίπτωση προαιρετικής μετάταξης από το ειδικό καθεστώς αγροτών στο κανονικό καθεστώς, η υποχρεωτική παραμονή σε αυτό είναι πλέον τριετής αντί πενταετής.

Ειδικότερα, όσον αφορά στις μετατάξεις αυτές αναφέρουμε τις εξής περιπτώσεις:

Η προαιρετική μετάταξη από το κανονικό στο ειδικό καθεστώς πραγματοποιείται μόνο από την έναρξη του φορολογικού έτους με την υποβολή δήλωσης μεταβολών εντός ανατρεπτικής προθεσμίας τριάντα (30) ημερών, σύμφωνα με τις διατάξεις του Κώδικα Φορολογικής Διαδικασίας (ν. 4174/2013, άρθρο 10), όπως ισχύουν.

Η προαιρετική μετάταξη από το ειδικό στο κανονικό καθεστώς πραγματοποιείται είτε από την έναρξη του φορολογικού έτους με την υποβολή δήλωσης μεταβολών εντός ανατρεπτικής προθεσμίας τριάντα (30) ημερών, κατά τα ανωτέρω, ή κατά τη διάρκεια του φορολογικού έτους με την υποβολή δήλωσης μεταβολών και ισχύει από την ημερομηνία υποβολής της εν λόγω δήλωσης.

Σημειώνεται ότι στην περίπτωση της προαιρετικής μετάταξης από το ειδικό στο κανονικό καθεστώς, οι αγρότες υποχρεούνται να παραμείνουν σε αυτό για μια τριετία.

Για την υποχρεωτική μετάταξη από το ειδικό στο κανονικό καθεστώς, υποβάλλεται δήλωση μεταβολών εντός προθεσμίας τριάντα (30) ημερών από την έναρξη του φορολογικού έτους, πραγματοποιείται από την έναρξη του φορολογικού έτους. Σε περίπτωση που η δήλωση μεταβολών υποβληθεί μετά από το πέρας της προαναφερόμενης προθεσμίας, θεωρείται εκπρόθεσμη και επιβάλλεται το πρόστιμο του άρθρου 54, παρ. 2 του ΚΦΔ..

Για τους νέους αγρότες, δηλαδή για τους αγρότες που για πρώτη φορά αρχίζουν να ασκούν αγροτική εκμετάλλευση, δεν εφαρμόζεται η προϋπόθεση της παρ. 1 του άρθρου 41 για την ένταξη στο ειδικό καθεστώς. Σε κάθε περίπτωση μπορούν να επιλέξουν την ένταξή τους στο κανονικό καθεστώς Φ.Π.Α..

Στην περίπτωση, δε, που επιλέξουν το κανονικό καθεστώς, υποχρεούνται να υποβάλουν δήλωση έναρξης και να παραμείνουν σε αυτό τουλάχιστον για μια τριετία (αριθ. ΠΟΛ 1201/2016, ΑΔΑ: 70ΩΨΗ-Ο3Ρ εγκύκλιος του Γενικού Γραμματέα της Γενικής Γραμματείας Δημοσίων Εσόδων).

Οι αγρότες που εντάσσονται στο ειδικό καθεστώς του άρθρου 41 και πραγματοποιούν αποκλειστικά παραδόσεις ή και παροχές προς άλλους υποκειμένους στο φόρο, πριν από την υποβολή της δήλωσης- αίτησης επιστροφής του φόρου εγγράφονται στο καθεστώς αυτό με δηλούμενη ημερομηνία τουλάχιστον την 31η Δεκεμβρίου του προηγούμενου φορολογικού έτους, προκειμένου να έχουν δικαίωμα επιστροφής για το φορολογικό αυτό έτος, όπως ορίζεται στην παράγραφο 12 του άρθρου 41.